“全芯1号”55K液相育种芯片问世

近日，上海海洋大学与中国水产科学研究院渔业工程研究所的科研团队联合攻关，成功研发鳜55K液相育种芯片，并将其命名为“全芯1号”。该芯片依托千尾级全基因组重测序数据构建高密度SNP标记集，全面覆盖我国多流域野生鳜种群与主流养殖品种，将为我国鳜基因组选择育种提供更加强有力的科技支撑。

“全芯1号”鳜55K液相芯片。上海海洋大学供图 鳜是我国特有的名贵淡水经济鱼类，肉质细嫩、无肌间刺、营养价值高，深受消费市场青睐。传统育种高度依赖表型选择，存在选育周期长、准确率低、复杂性状难以突破等瓶颈。近年来国内虽已推出鳜育种芯片，但现有芯片在北方流域野生种群覆盖度、标记密度、功能位点整合等方面仍存在明显局限，难以满足全国多区域精准育种需求。 “全芯1号”以1392尾鳜的全基因组重测序数据为核心，经严格筛选获得56789个高质量单核苷酸多态性位点。芯片首次系统整合黑龙江、长江、珠江、海河等流域的自然野生种群以及翘嘴鳜“广清1号”、翘嘴鳜“华康1号”等主流养殖品种，实现标记密度与种质覆盖双重升级。 芯片从四大维度实现性能跃升：标记密度更高，全基因组均匀分布，显著提升基因组育种值估计准确性，尤其适配生长、驯食等多基因复杂性状选育；种质覆盖更广，全面适配全国不同地域、不同品系的育种需求；功能位点精准整合，纳入经验证的生长、驯食、性别等关键性状关联位点，实现“全基因组选择+重点性状定向选育”双重功能；高效低成本，位点检出率高、检测周期短、单样本成本低。 研究团队表示，该芯片可广泛应用于种质资源鉴定与评价、全基因组关联研究功能基因定位、基因组选择育种及分子标记辅助育种等全流程，有效缩短育种周期、提升选育准确率。